1987– первые после 1923 г. выборы директора ВСЕГЕИ. Им стал член-корреспондент АН СССР А.Д. Щеглов. Выборы первого Совета трудового коллектива ВСЕГЕИ.
Из Эрмитажа была передана в ЦНИГР Музей Карта СССР, изготовленная из камней-самоцветов для Всемирной выставки в Париже и Нью-Йорке.
Изданы и вышли в свет двухтомник «Меловая система СССР» (ред. М.М. Московин, Т.Н. Богданова), монография А.Д. Щеглова «Основные проблемы современной металлогении. Вопросы теории и практики», «Методическое руководство по изучению и геологической съемке четвертичных отложений» (рук. Г.С. Ганешин).
Геодинамическая карта мира, 1987
1988 – первые выборы Ученого совета ВСЕГЕИ и первые чтения памяти академика А.П. Карпинского с докладами Л.И. Красного и С.И. Романовского. Завершены большие работы изданием монографии «Геология зоны БАМ» и Атласа карт геологического содержания зоны БАМ масштабов 1:3 000 000 – 1:5 000 000 под руководством Л.И. Красного.
Геологическая карта БАМ
Опубликована Карта полезных ископаемых СССР масштаба 1:5 000 000 (гл. ред. Е.А. Козловский, ред. К.Б. Ильин, В.Н. Полуэктов, В.М. Терентьев, А.Д. Щеглов).
1989 – Завершена десятитомная монография «Геологическое строение СССР и закономерности размещения полезных ископаемых» (гл. ред. Е.А. Козловский, зам. гл. ред. А.И. Жамойда, А.И. Кривцов. Р.И. Соколов) – вышли две книги заключительного тома монографии.
50 лет отметила Ленинградская картографическая фабрика ВСЕГЕИ, непревзойдённое в стране предприятие по мастерству графического и цветового отображения геологических обстановок и изданию геологических карт.
1990 – ВСЕГЕИ и Мингео СССР разработаны основные положения концепции регионального геологического изучения территории страны, которая с учетом социально-экономической обстановки, сложившейся в СССР на рубеже 80-90-х годов, обозначила принципиальные положения создания многофункциональной геолого-картографической основы для решения задач расширения и укрепления минерально-сырьевой базы страны и рационального хозяйственного недропользования.
Открыта экспозиция «Карта СССР из цветных камней», переданная Эрмитажем ЦНИГР Музею в 1987 г. На ВДНХ СССР отмечена Дипломом и одиннадцатью медалями выставка ВСЕГЕИ «Комплексное геологическое изучение территорий СССР».
1991 – присуждение Государственной премии РСФСР коллективу под руководством Л.И. Красного за монографию «Геология зоны Байкало-Амурской магистрали» и Атлас карт геологического содержания зоны БАМ.
Начаты работы по программе «Стратиграфия и палеонтология России», координирующей всю деятельность в стране в этом направлении, а также по проблеме объектов геологического наследия.
1992 - институт переименован во Всероссийский научно-исследовательский геологический институт (ВСЕГЕИ) им. А.П. Карпинского. Состоялась юбилейная ХХХ сессия Ученого совета института, посвященная 110-летию Геолкома-ВСЕГЕИ, сопровождавшаяся большой выставкой «Актуальные проблемы современной геологии в разработках ВСЕГЕИ», на которой были продемонстрированы только что опубликованная серия карт масштаба 1:5 000 000:
Геологическая карта России и сопредельных государств (в границах бывшего СССР) (гл. ред. Р.И. Соколов), карта сопровождается объяснительной запиской, в краткой форме излагающей сведения о тектоническом районировании, стратиграфии и магматизме конкретных регионов (Европейская часть, Урал, Западная Сибирь, Восточная Сибирь, Казахстан, Средняя Азия и др.); Карта полезных ископаемых России и сопредельных государств (в границах бывшего СССР) (отв. ред.: К.Б. Ильин, В.Н. Полуэктов, В.М. Терентьев, А.Д. Щеглов) к ней приложена карта размещения горнодобывающих предприятий, горно-обогатительных и горно-металлургических комбинатов. В объяснительной записке даны списки месторождений и перечень указанных предприятий; Карта топливно-энергетических ресурсов России и сопредельных государств (в границах бывшего СССР) (отв. ред.: В.М. Богомазов, Г.Х. Диккенштейн, А.Н. Золотов, Г.Д. Петровский, В.М. Терентьев, В.Ф. Череповский).
Геологическая карта России и сопредельных государств, 1992 год
Карта полезных ископаемых России и сопредельных государств, 1992 год
На карте показаны территории и площади с разведанными запасами и прогнозными ресурсами нефти, газа, природных битумов, угля, горючих сланцев, торфа, артезианских бассейнов и области развития трещинно-жильных термальных вод.
Был продемонстрирован также изданный в этом году комплект карт дна Балтийского моря и прилежащей суши масштаба 1:500 000 (ред. А.А. Григялис, Ж.А. Гялумбаускайте, В.М. Литвин, М.А. Репечка, М.А. Спиридонов).
Группа сотрудников ВСЕГЕИ активно участвовала в работе ХХIХ сессии МГК в г. Киото (Япония).
1993 – вышел первый номер журнала ВСЕГЕИ «Региональная геология и металлогения» (гл.ред. А.Д. Щеглов).
1995 – впервые издан «Петрографический кодекс. Магматические и метаморфические образования» (ред. Н.П. Михайлов).
Начаты работы по созданию шеститомной монографии «Геология и полезные ископаемые России».
Издана составленная во ВСЕГЕИ «Инструкция по составлению и подготовке к изданию листов Государственной геологической карты РФ масштаба 1:200 000».
1996 – группа сотрудников ВСЕГЕИ активно участвовала в работе ХХХ сессии МГК в Пекине.
1998 – опубликован обзор «Государственная геологическая карта Российской Федерации масштаба 1:1 000 000. История создания, итоги и задачи работ» (ред. А.Д. Щеглов).
20 декабря 1998 года институт возглавил О.В. Петров, пройдя по конкурсу и утвержденный Коллегией МПР РФ на должность директора ВСЕГЕИ.
МПР РФ утверждены предложенные ВСЕГЕИ «Схема районирования территории РФ на серии листов Государственной геологической карты масштаба 1:1 000 000 нового поколения (издания)» и план составления легенд этих серий (сериальных легенд).
В 90-е годы в организации и производстве геологических исследований произошли существенные изменения. В кратком обзоре невозможно более детально остановится на пройденном геологической службой болезненном пути за последние 10 лет. Всё это подробно изложено в монографии В.П. Орлова «Минеральные ресурсы и геологическая служба России в годы экономических реформ (1991–1999)». Научно-исследовательские институты, в том числе и ВСЕГЕИ, оказались в сложной ситуации. Но вопреки всему ВСЕГЕИ остается верен своим традициям, своему предназначению. Дирекция института, возглавляемая с 1998 г. О.В. Петровым, делает в это время всё возможное для сохранения ведущей роли ВСЕГЕИ среди научных организаций отрасли.
Несмотря на постоянное и значительное сокращение ассигнований ВСЕГЕИ результаты работы института по-прежнему впечатляют. В 100 км от Санкт-Петербурга в результате исследований обнаружено россыпное проявление алмазов и доказана перспективность открытия их коренных источников. В 300 км от города открыто первое в Ленинградской области месторождение бентонитовых глин; открыт и изучен минеральный тип золотого оруденения в Карело-Кольском регионе; дана прогнозная оценка массивов Рай-Из и Сыум-Кеу (Полярный Урал) для постановки детальных поисково-оценочных работ на металлы платиновой группы.
1999 – ВСЕГЕИ поручена подготовка Всероссийского съезда геологов и научно-практической конференции «Геологическая служба и минерально-сырьевая база России на пороге ХХI века» (в рамках мероприятий, посвященных 300-летию Горно-геологической службы России).
Санкт-Петербургская картфабрика ВСГЕИ участвовала в Международной картографическом конгрессе в Канаде, где получила Диплом за подготовленную и изданную Тектоническую карту Европы масштаба 1:5 000 000.
